Già il parroco don Giuseppe Pessina nelle sue ultime volontà aveva disposto che dopo l''erezione dell''altare maggiore si provvedesse alla sistemazione dell''organo della nuova chiesa parrocchiale, per il quale aveva dato precise indicazioni: doveva essere di otto piedi con quattro mantici e dovevano essere assolutamente escluse le canne di legno; la facciata doveva essere compiuta con tutte le sue canne di piombo, secondo i dettami del signor Fioroni, Maestro di Cappella nel Duomo. L''organo non fu installato prima del 1800.   Nel 1899, nella festa di S. Bonifacio Martire si inaugurò lo strumento riparato nella parte vecchia e fatto di nuovo nel secondo organo. Fu don Giacomo Colli a pensare alla costruzione di un organo più moderno. Ne affidò la realizzazione alla ditta Fratelli Costamagna di Milano-Ivrea: fu realizzato un complesso tubolare, di 1750 canne, 20 registri sonori, 7 registri meccanici di accoppiamento, azionato da un ventilatore elettrico. La parte decorativa in legno fu opera della ditta F.lli Ghianda fu Iginio. Il 20 gennaio 1949 il nuovo organo venne inaugurato e fu tenuto un concerto dall''organista Adolfo Bossi del Duomo di Milano. Il materiale usato per la costruzione di questo nuovo organo era stato per lo più recuperato dalla demolizione del vecchio

 Il nuovo organo

 Il parroco don Giuseppe Mariani stipulò un contratto con la medesima ditta, il 4 marzo 1959, per dare alla chiesa parrocchiale un nuovo organo. Diviso in tre corpi sistemati nel coro e nelle due cantorie ubicate ai lati dell''altare maggiore: esso consta di una consolle a due tastiere di 61 note e pedaliera a 30 note; composto di 27 registri reali per un complesso di 1908 canne, è corredato di 9 accoppiamenti, registri combinati, pistoncini e pedaletti il tutto azionato da tre ventilatori elettrici. L'organo trovava così la collocazione che ancora oggi conserva; precedentemente lo strumento fatto approntare da don Colli era posto nel coro.  Il nuovo organo cominciò a funzionare già nel 1960 e venne utilizzato nella festa del S. Crocifisso dello stesso anno. Purtroppo però poi non venne più utilizzato con la medesima frequenza. L'apertura della vetrata dell'abside (1989) sembrò mettere definitivamente in forse la possibilità di un ripristino dell'utilizzo dell'organo e una parte venne completamente smontata e riposta nelle soffitte

Recentemente (1995), però, il parroco don Bruno Molinari ha dato il via ai lavori di sistemazione, destinati a riportare in uso l'organo in tutta la sua interezza

Vi sono due tastiere da 61 tasti con una pedaliera composta da 30 pedali. Il numero totale delle canne è di 1896, di cui 108 in legno. L''organo torna a funzionare per la celebrazione del cinquantesimo anniversario della consacrazione della chiesa parrocchiale (3 novembre 1996).