Mentre si iniziavano il 27 aprile 1936 i lavori per l'ampliamento della chiesa parrocchiale, il Comune di Bovisio, d''intesa con il volere del parroco Gaetano Ratti, deliberò di versare un contributo di L. 30.000, per l'ampliamento della chiesa parrocchiale e per la costruzione di una cripta dedicata ai caduti in guerra. Si volevano così ricordare i valorosi soldati della Prima guerra mondiale e coloro che avevano combattuto e perso la vita durante la guerra d'Abissinia (1935-36).
Venne realizzata una piccola chiesa di m. 30x15, che in prospettiva doveva servire per le riunioni di Confratelli, Associazioni, Oratorio maschile e soprattutto per i devoti che frequentavano la chiesa anche durante i mesi invernali. A destra dell''altare vi era, in una nicchia protetta da un''inferriata, un cippo marmoreo sul quale dovevano essere scolpiti i nomi dei caduti, ma la Seconda guerra mondiale consigliò di attendere.

Negli anni '70 la cripta è stata ristrutturata ed abbellita, mutilandola del suo secondo accesso nella zona sotto la penitenzieria, per far posto alla centrale termica per il riscaldamento della chiesa.