Entrando in chiesa ad attirare subito l'attenzione è l'abside con l'altare maggiore.

Ad essa si accede salendo 8 gradini, dei quali i primi tre portano alla balaustra, composta da cimasa e basamento con 28 pilastrini di marmo nero e specchiature in marmo chiaro, come le 72 colonnine. Questa sua sopraelevazione, rispetto al resto del tempio, ha una duplice funzione: simbolica, a ricordo del Calvario, e pratica, perché consente a tutti i fedeli di poter seguire meglio le funzioni religiose.

L'altare maggiore in marmi policromi fu costruito grazie alla donazione del munifico abate di Mombello, il conte don Francesco Crivelli. Fu disegnato dall'arch. Galliori e realizzato dal marmista Giovanni Antonio Albuzzi di Viggiù. La data della sua benedizione risale al 31 ottobre 1774 e la cerimonia fu officiata dall’allora parroco don Brioschi. La mensa è retta da quattro colonne, mentre il "panetto" (cioè il rivestimento mobile anteriore dell'altare e per estensione la decorazione fissa dello stesso) sottostante in marmo è stato portato alla forma attuale negli anni '50 quando don Colli provvide alla sistemazione del pavimento. Sopra si innalza il ciborio con quattro colonne e due pilastrini in marmo grigio. Sulla porta del tabernacolo, sormontata da un frontale ad andamento curvilineo e rivestita in oro sbalzato, sono raffigurati la Croce e il Sacro Cuore dal quale il sangue sgorga e fluisce nel calice sottostante. Il triangolo con un occhio, simbolo di Dio-Trinità, colombe e gigli, la scritta "Fons vitae et sanctitatis" (Fonte della vita e della santità) completano la decorazione. Ai lati del ciborio due angeli in legno di tiglio adorano la Croce e l''Eucaristia. Sulla sommità del ciborio si trova l'agnello in legno dorato: esso è posto sul libro dei Sette Sigilli e reca alle sue spalle uno stendardo e una croce. Quando venne il momento di spostarlo, l'altare maggiore venne fatto a blocchi, ampliato per armonizzarlo alla nuova configurazione dell’abside e sistemato nella posizione in cui si trova tuttora; il sito precedente resta segnato sul pavimento dallo stemma papale di Pio XII. Nel 1942 si inaugurava la decorazione della volta dell''abside. Contemporaneamente si metteva mano alla costruzione degli amboni e della balaustra. L''ambone è in legno. Sul pannello centrale reca l''emblema dell'evangelista Marco simboleggiato da un leone, perché all'inizio del suo vangelo parla di Giovanni Battista, voce di uno che grida nel deserto. Sui due pannelli laterali sono rappresentati l'Antico Testamento (con le Tavole della Legge) e Matteo, simboleggiato da un uomo, perché il suo vangelo inizia con l'albero genealogico di Gesù. I pannelli dell'ambone sono stati utilizzati per completare il seggio che il sacerdote occupa attualmente durante le celebrazioni. Su di essi sono raffigurati Luca, rappresentato da un toro, in quanto il suo vangelo si apre con un sacrificio, e Giovanni da un'aquila, poiché egli, come l'aquila vola più alta di tutti gli altri uccelli, ebbe una visione superiore agli altri evangelisti. Il pavimento dell'abside è "in marmo finissimo e i disegni sono in stile barocco". AI centro del pavimento è riprodotto uno dei simboli usati dai primi cristiani per nascondere ai pagani i sacri misteri: un pesce, il cui nome greco designa Cristo, che porta in groppa un cesto di pane, segno dell'Eucaristia. L'attuale altare, di legno con la mensa in marmo, reca sul davanti un "paliotto" che risale al XVIII secolo e misura cm 80x200. Questo è di prezioso broccato e raffigura la scena della Deposizione di Cristo dalla Croce; ai suoi piedi si trovano: corona di spine, martello, chiodi, tenaglia, la scritta I.N.R.I.; il tutto è immerso in uno sfondo floreale azzurro-verde-blu.
Dall'altare maggiore si accede alla sagrestia (a sinistra) e alla penitenzieria (a destra per chi guarda).