Il 5 ottobre 1810 fu accolto nella nostra parrocchia questo S. Crocifisso taumaturgo, cioè capace di miracoli e di grazie. Esso era conservato nella chiesa di S. Giovanni in Conca a Milano, dove celebravano messa i frati Carmelitani Scalzi; la chiesa fu soppressa nel periodo napoleonico e "una pia persona" donò alla chiesa di Bovisio il miracoloso crocifisso. La stele, detta "croce della Comasina", venne eretta da don Carlo Barnaba, parroco di Vare do nel 1647, come monumento a ricordo della peste che infierì in quegli anni. Nel 1905 il parroco don Longoni di Varedo fece porre una lapide alla base della colonna della croce per ricordare il passaggio del Crocifisso da Varedo e la rappacificazione tra i popoli dei due comuni: infatti i turbolenti antenati, accogliendo il Crocifisso avevano dato vita a gravi incidenti per il possesso della sacra reliquia. Su questo tormentato arrivo sono fiorite anche leggende locali, una delle quali fece assegnare a Bovisio il Crocifisso, a causa della fermata fatta dai buoi che tiravano il carro su cui il Crocifisso si trovava, nel luogo che sarebbe stato segnato dalla "croce della Comasina”. II Crocifisso fu collocato nella cappella di S. Bonifacio. Lì si era provveduto a sistemare l''ancona (luogo ove sarebbe stato riposto), la portina della stessa cappella e il pavimento della chiesa parrocchiale.  Nei giorni successivi venne benedetto l''altare alla presenza di mons. Litta, canonico della Metropolitana. Nel 1854 si procedette ad un restauro dell''ancona che fu rifatta in lastre di pietra ed ornata con seta intessuta d''oro. Si sistemò la mensa dell''altare, facendola in marmo, si rimisero a nuovo le indorature dei capitelli e degli emblemi che adornano il tempietto. Per il centenario delle reliquie di S. Bonifacio, nel 1905, fu rimesso a nuovo l''altare del Crocifisso

Nel 1910, in occasione delle celebrazioni per il centenario del trasporto del santo simulacro nella nostra parrocchia, si tennero feste particolarmente sfarzose, anche per ringraziare per la protezione speciale "contro il ciclone del passato luglio che anche qui imperversò, ma senza arrecare quei danni e quella desolazione, che pur troppo colpì i paesi limitrofi". Nel 1948 mons. Angelo Rota benedisse la cappella del S. Crocifisso parzialmente restaurata. Nel 1955 venne rifatta la nicchia in mosaico veneziano e tutta la cappella fu decorata dal pittore Antonio Vago. Furono inaugurati ì quadri del pittore Magrini: la celebrazione venne officiata da Mons. Pignedoli.La cappella si presenta sopraelevata di un gradino rispetto al pavimento della chiesa e divisa da essa da una balaustra in marmi policromi, con basamento, 10 colonnine e 4 pilastrini, e cimasa. Una cancellata in ferro battuto con motivi ornamentali geometrici immette nello spazio della cappella, il cui pavimento è anch''esso di marmo a scacchi bianchi e neri. L''altare poggia su una predella di marmo con decorazione di legno intarsiato a motivi decorativi e al centro una corona, una spada, un giglio e una palma. Nel 1955 la parte inferiore dell’altare venne rinnovata per accogliere il corpo di S. Bonifacio e la balaustra subì alcune modifiche indispensabili. La mensa è di marmo bianco come il grado al di sopra di essa. Il ciborio entro cui si trova il tabernacolo ha struttura di tempietto; lo sportello di forma lunettata riporta una scena di deposizione dalla croce. Sul grado si trovano quattro candelabri in bronzo, a base triangolare, che nella specchiatura recano i simboli di Fede, Speranza e Carità. Al di sopra del ciborio si apre la nicchia che contiene il Crocifisso. Essa è in mosaico veneziano, con tessere azzurre a forma quadrata e oro a forma di stella. Il tutto è contenuto in una struttura a tempio con colonne scanalate e dorate nella parte inferiore e nei capitelli di stile corinzio. Le colonne terminano con una struttura a frontone, che porta nel timpano l’immagine di Dio padre, con triangolo dietro il capo. Due angeli di marmo bianco, con ali dorate e martello e chiodi in mano, stanno seduti ai lati del timpano triangolare

La volta della cappella è decorata con motivi a rosetta e altri disegni simbolici, tutti attinenti alla passione di Cristo: il martello e la tenaglia, i chiodi, tenuti in mano dagli angeli e disegnati anche nella sommità della volta, il gallo, che fa riferimento al tradimento di Pietro la spugna e la lancia, ricordo dell’episodio in cui viene dato da bere a Cristo morente sulla croce, la colonna e il flagello, allusione alla flagellazione che Cristo subì prima di essere condotto al Calvario. Nella specchiatura delle lesene sul fronte della cappella si aprono due tondi in cui si leggono le iscrizioni

Altare privilegiatum in perpetuum
"altare privilegiato perpetuo", a sinistra, e

Pius PP X Concessa / IX oct MCMÌV
"Papa Pio X concesse, 9 ottobre 1904", a destra

In essa si fa riferimento alla concessione da parte del papa Pio X del privilegio per l''altare in questione: l''altare aveva già ricevuto la concessione dell’indulgenza per chi lo visitasse, a partire dal 1819. Nella cappella sono collocati due oli su tela di A. Magrini, pittore nato a Ferrara nel 1874 e vissuto a lungo a Milano II quadro a sinistra rappresenta "Gesù nell''orto": in basso a destra si vede Gesù inginocchiato che viene visitato da un angelo dalle ali vermiglie e dalla veste azzurra, sullo sfondo i neri profili degli alberi dell’orto degli ulivi. La tela a destra ritrae "La Madonna con le pie donne clic guardano Gesù morto in Croce" e mostra la Madonna al centro di un gruppo di donne che alzano gli occhi nella direzione della croce contenuta nella nicchia dell''altare; una donna in atteggiamento di disperazione è inginocchiata nell''angolo basso a sinistra.