La vetrata più maestosa che balza subito agli occhi, si trova nell''abside, dietro l''altare maggiore e rappresenta la Discesa dello Spirito Santo. Un precedente finestrone di dimensioni più piccole e non decorato era stato aperto durante i lavori di ampliamento della chiesa, ma andò distrutto nel 1941 a causa del violento spostamento d''aria provocato dall''esplosione di una bomba di aereo caduta sul sugherificio Marangoni, situato dietro la chiesa. Quindi, per ragioni sconosciute, esso fu murato e seminascosto da una composizione di canne dell''organo, in parte mute.

L'attuale vetrata, innalzata nel 1989 ad opera di Sante Pizzol e inaugurata il 17 settembre dello stesso anno dal card. Martini, misura 400x300 cm. Nel progetto iniziale di Pizzol gli apostoli rappresentati erano solo 11, pensando al tradimento di Giuda Iscariota. Durante i lavori ci si accorse in tempo dell'errore commesso: al momento della Pentecoste ormai un altro discepolo, Mattia, aveva preso il posto di Giuda. Si pose così rimedio alla distrazione. Infatti se si guarda la vetrata si possono contare 12 apostoli.