Subito alla sinistra di chi entra in chiesa, in parte nascosto nell’ombra, si può vedere il Battistero: una cancellata in ferro battuto con elementi decorativi colorati in oro separa l''ambiente dal resto del tempio. Il pavimento è ribassato rispetto a quello della chiesa: il battezzando come Gesù scese nelle acque del Giordano per essere battezzato da Giovanni Battista, devono scendere alcuni gradini per entrare nelle acque della vasca. Esso è a mosaico con pezzi di marmo bianchi e azzurri disposti a forma di onde, ancora a ricordare le acque del fiume. Nel mezzo è posto un fonte battesimale di marmo, così come di marmo grigio sono le pareti del locale; dietro il fonte c''è addossata al muro di fondo, una croce in marmo bianco, al di sopra della quale un affresco, di datazione incerta rappresenta il battesimo di Gesù Cristo nel Giordano, con Giovanni Battista; sopra la testa del Salvatore si trova una colomba e alla destra nell''angolo un agnello. Nella parete di destra si può vedere un piccolo armadietto, che conteneva i vasi degli oli usati per la celebrazione del Battesimo e un piccolo lavabo in cui gettare l'acqua santa benedetta avanzata dal rito battesimale o rimasta in chiesa prima del triduo pasquale. L'anta di tale armadietto è decorata con un intarsio ligneo raffigurante una colomba e tre pesci nei raggi che da essa si dipartono.

Una targa posata a terra ricorda il luogo del battesimo del Beato Monti. Il fonte originale infatti si trova ora al centro della navata.