Già nell’antica parrocchiale di S. Pancrazio, vi era un altare dedicato alla Beata Vergine: si trovava anch'esso alla sinistra dell''altare maggiore, ovvero l’altare principale situato sulla navata centrale della chiesa, con un'immagine della Madonna dipinta sul muro e protetta da vetro. Nel 1900 gli altari della nuova chiesa erano tre: quello maggiore, quello del S. Crocifisso e quello della Santissima Immacolata. Questi ultimi due si trovavano rispettivamente alla destra e alla sinistra per chi entrava in chiesa: l’altare del S. Crocifisso si trovava cioè nell''attuale posizione, mentre quello della Madonna occupava lo spazio che ora è destinato alla cappella di S. Pancrazio. Infatti, intorno al 1904 venne dedicato un altare a S. Pancrazio. Nella chiesa ampliata l'altare della Immacolata venne posto a sinistra, tornando così ad occupare la posizione che aveva nell’antica parrocchiale.

Nel 1955 l'altare, in marmi policromi, in stile barocco, opera del sig. Comana di Bergamo, era sicuramente ultimato tanto che il parroco poteva descriverne con minuzia la bellezza e i costi: la spesa totale per il lavoro fu di 3 milioni e mezzo. La statua della Vergine , proveniente da Ortisei, fu incoronata nel giorno dell'Immacolata del 1960, da don Pietro Paolazzi, abate degli Olivetani di Seregno. Le corone, poste sul suo capo e su quello del Bambino, sono opera della Scuola milanese "Beato Angelico" che utilizzò oro e preziosi donati dai fedeli. Per il loro alto valore sono ora conservate in una cassetta di sicurezza e sostituite da corone in metallo dorato.

Anche questo altare, come quello di S. Giuseppe, è sopraelevato di tre gradini rispetto al pavimento della chiesa. Altri due gradini lo separano dal cancello in ferro battuto e dalla balaustra. Sul piano del secondo gradino si trova una predella in legno intarsiato con decori geometrici e al centro gigli, opera della ditta Zari.
L''altare, addossato alla parete, come la croce in rilievo posta al centro, è in marmo bianco. Il ciborio, a forma di tempio, è in marmo policromo; sullo sportello del tabernacolo, in argento sbalzato, è rappresentata la radice di Jesse (la Madonna) dalla quale spunta un virgulto (Gesù Cristo), che è la porta del cielo.
Quattro candelieri sono poggiati sul grado d'altare. Al di sopra di quest'ultimo, su un basamento in marmo policromo, due finte colonne con capitello corinzio racchiudono al loro interno la nicchia della Beata Vergine in legno dipinto, del XX secolo, recentemente fatta restaurare. La statua è alta due metri e ai suoi piedi porta la scritta Maier divitiae gratiae, "Madre della grazia divina". Al centro del finto frontone architettonico che corona l'altare sono rappresentati due cuori, quello di Maria e quello del Bambin Gesù.
Alla sinistra dell’altare è stata posta, dopo un accurato restauro, la statua del Sacro Cuore, che da tempo giaceva nel deposito.